بعد أن دخل جوهر الصقلي مصر في 17 شعبان سنة 358هـ، شرع في بناء عاصمة جديدة للفاطميين بدلاً من العواصم القديمة: الفسطاط والعسكر والقطائع، وبعد مرور عدة شهور من بناء المدينة الجديدة والتي سيطلق عليها اسم القاهرة، وتحديدًا في جمادى الآخرة سنة 359هـ بدأ جوهر الصقلي في بناء الجامع الأزهر في الجنوب الشرقي من القصر الكبير الذي بناه جوهر للمعز الفاطمي.
وقصد الفاطميون ببناء هذا الجامع أن يكون مركزًا لنشر الدعوة الشيعية الباطنية، ورمزًا لانتصار الدولة الجديدة على الدولة العباسية، وقد استمر البناء فيه عامين وثلاثة شهور تقريبًا، وافتتح للصلاة أول مرة في يوم الجمعة 7 رمضان 361هـ ـ 22 يوليو 971م، ولم يكن المعز الفاطمي قد حضر من بلاد المغرب بعد، والجدير بالذكر أن الجامع الأزهر أطلق عليه في البداية اسم جامع القاهرة، ولم يطلق عليه اسم الأزهر إلا متأخرًا، وظل هذا الجامع مدرسة لتخريج زنادقة الباطنية ومبتدعة الشيعة طوال حكم الفاطميين حتى سقوط دولتهم على يد صلاح الدين الأيوبي سنة 567هـ. بعدها أصبح أكبر قلعة علمية لتخريج العلماء وطلبة العلم في العالم الإسلامي.
راجع: النجوم الزاهرة (4/74)، تاريخ مصر الإسلامية (1/147).